Približne 42 % z celkovej rozlohy Estónska tvorí poľnohospodársku pôdu a 32,5 % pokrývajú lesy (Odehnal, 2003). V súčasnosti je v tomto sektore zamestnaných len okolo 4 % z pracovnej sily (v roku 1970 to bolo až 16 %) a produkuje menej ako 3 % z celkovej produkcie. Poľnohospodárska produkcia orientuje predovšetkým na domáci trh. V živočíšnej výrobe dominuje chov dobytka a hydiny. A v rastlinnej výrobe obilniny, zemiaky a zelenina.

Les je jedným z najdôležitejších surovinových zdrojov Estónska. Poskytuje materiál na výrobu v drevárenskom, papiernickom  a nábytkárskom priemysle. Samotné lesníctvo produkuje 1,7 % z celkového HDP.

Estónsko disponuje 11 loďami určenými na diaľkový rybolov. K dôležitým oblastiam rybolovu patria oblasti v Atlantickom oceáne (Regulované oblasti Severozápadnej atlantickej rybárskej organizácie (NAFO) a Regulované oblasti severovýchodnej atlantickej rybárskej organizácie (NEAFC)), pobrežie Baltského mora ale aj Čudské jazero.

Vo všeobecnosti, celkový úlovok v porovnaní s rokom 1992 (90 904 ton) rapídne poklesol na 16 008 ton v roku 2003. Takmer 80 % z celkovej produkcie je exportovaných do SNŠ. To by mohlo priniesť v budúcnosti veľké problémy, keďže sa plánuje zavedenie medzinárodne platných kvót.