Estónsko sa nachádza v severovýchodnej Európe, pri Baltskom mori medzi Fínskym a Rižským zálivom.
Najsevernejší bod celého územia Estónska je na ostrove Vaindloo (59° 49´ 17´´ severnej geografickej šírky), pričom najsevernejší bod pevninskej časti územia leží na polostrove Purekkari (59° 40´ 27´´ severnej geografickej šírky). Najjužnejší bod územia Estónska je pri obci Naha a má súradnice 57° 30´ 32´´ severnej geografickej šírky. Vzdialenosť zo severu na juh je 240 km (Arjakas et al,1991).
Najzápadnejší bod Estónska leží opäť mimo pevninskej časti územia, na ostrove Nootaama (21° 46´ 06´´ východnej geografickej dĺžky), pričom najzápadnejší bod pevninskej časti územia leží na polostrove Ramsi a má súradnice 23° 24´ 28´´ východnej geografickej dĺžky. Najvýchodnejší bod územia Estónska leží pri rieke Narva a má súradnice 28° 12´ 33´´ východnej geografickej dĺžky. Vzdialenosť od západu na východ je 350 km.
Územie Estónska má tvar polostrova a prímorský charakter. Od severu a od západu Estónsko obklopuje Baltské more. Estónsko má dlhé členité pobrežie (3 794 km, z toho 2 540 km na ostrovoch). Pevninská hranica je dlhá 633 km . Na východe je to 294 km dlhá hranica s Ruskom tvorená Čudským a Pskovským jazerom a riekou Narvou a na juhu jediná, 339 km dlhá, suchozemská hranica s Lotyšskom.
Estónsko má rozlohu 45 227 km2. Podobnú rozlohu má v Európe napríklad aj Dánsko (43 000 km2), či Slovensko (49 036 km2). Estónsku patrí takisto viac ako 1 500 ostrovov s celkovou rozlohou 4 167 km2. Najväčšie sú: Saaremaa (2 714 km2 ), Hiiuma (965 km2) a Muhu (200 km2) (Šlachta, 1990). Z ekonomického aspektu, je výnimočná poloha predovšetkým voči Baltskému moru. Umožňuje Estónsku udržiavať spojenie s mnohými ostatnými krajinami, predovšetkým s krajinami Baltského mora. Takisto je dôležitý moment, že Estónsko vytvára severo - východné pobrežie Európy, cez ktoré Rusko udržuje styky s celým svetom.
Pre malú krajinu akou Estónsko je, znamená jeho geopolitická poloha predovšetkým, akými mocnosťami je obklopovaná. Počas formovania štátnosti boli týmito mocnosťami predovšetkým Rusko, Nemecko a Švédsko.