Pre pôdny kryt Estónska je charakteristická diverzita spôsobená rozličným zložením materskej horniny a rozličnými hydrologickými podmienkami. Ďalej vysoký podiel rašelinísk a rašelinových pôd (približne 50 %), vápnitých pôd (prevažne na západe a severe Estónska) a vysoký podiel kamenistých pôd. Vo všeobecnosti môžeme povedať, že na severe a na ostrovoch prevládajú málo úrodné, značne kamenisté pôdy. Centrálnu a južnú časť pokrývajú úrodnejšie karbonátové a podzolové pôdy.
Najrozšírenejším pôdnym typom na území Estónska sú gleje. Ich typickou črtou je zeleno-sivý glejový horizont, vznikajúci v podmienkach vysokej spodnej vody. Rendziny prevládajú na severe a západe, kde je vápencové podložie blízko povrchu. Majú vysoký obsah humusu a výživných látok, ale sú kamenisté a veľmi citlivé na sucho. Preto sa neobrábajú a najtypickejšiu vegetáciu tvoria lesy a lúky.
Regozeme na vápnitom skeletnatom íle sa tiež nachádza prevažne na severe a západe Estónska. Nachádzajú sa na plochách s hrubším kvartérnym povrchom. Majú vysoký obsah humusu, ale aj vysoký obsah ostrých kúskov zvetraného vápenca. Tieto pôdy boli vo väčšej miere kultivované. Prirodzenú vegetáciu tvoria lúky a lesy.
Kambizeme sa vyskytujú prevažne na ílovitých planinách centrálneho Estónska a na pahorkatine Pandivere. Tieto pôdy sú najúrodnejšími v Estónsku a ich výskyt je zhodný s hlavnými poľnohospodárskymi územiami Estónska.
Organozeme pokrývajú približne jednu štvrtinu územia Estónska. Rozdeľujú sa na nížinné močiare a na vyzdvihnuté rašeliniská.
Luvizeme sa nachádzajú na brehoch vodných útvarov s periodickými záplavami. Ich plocha sa v dôsledku znižovania frekvencie a rozsahu záplav, vďaka budovaniu nádrží, zmenšila.