V Európe sa takmer nedá nájsť štát, ktorý by bol etnicky homogénny. Estónsko sa taktiež nezaraďuje medzi etnicky homogénne štáty. Na základe posledného sčítania ľudu z roku 2000 bola národnostná skladba Estónska nasledovná : Estónci 67,9 %, Rusi 25,6 %, Ukrajinci 2,1 %, Bielorusi 1,3 %, Fíni 0,9 %, ostatné kategórie 2,2 %. V Estónsku je popri Lotyšsku jedna z najväčších menšín žijúca v Európe, tzv. rusofónna menšina.
Priestorové rozmiestnenie dvoch najpočetnejších entít na území Estónska je celkom logické. Najväčší podiel ruskej menšiny dosahujú územia na východe a takisto veľké mestá, v ktorých bol koncentrovaný priemysel.
Duch minulého prepojenia ugrofínskej populácie Estónska so slovanskými Rusmi zostal zachovaný v podobe najpočetnejšej menšiny na území Estónska. Tlaky na Estóncov prebiehali postupne. Domáce etnikum bolo definitívne vystané značnému represívnemu tlaku od roku 1944. Je to tzv. éra denacionalizácie Estóncov a rusifikácie populačného zoskupenia Estónska. Do roku 1940 žilo v Estónsku len 8,2 % Rusov, prevažne z radov obchodníkov a z radov emigrantov inteligencie. Nastáva však obdobie deportácie estónskej elity, ktorá bola považovaná za nositeľa štátnosti.
Súčasne je naštartovaný proces odnárodňovania a asimilácie, a to prostredníctvom exportu ruského ťažkého priemyslu vrátane pracovnej sily do pôvodne relatívne homogénneho celku. Aby nedochádzalo ku spätnému zakoreňovaniu sa importovaných ruských robotníkov do pôvodného estónskeho rámca, každoročne sa menili dve tretiny presťahovaných Rusov. Ročne sem prichádzalo až 30 000 Rusov a podiel ruskej menšiny na celkovom počte obyvateľstva Estónska vzrástol z 20,1 % v roku 1959 na kulminujúcich 30,3 % v roku 1989. Rusifikácia prebiehala paralelne aj v kultúrnej oblasti. Do škôl a úradov bola povinne zavedená ruština, bola takisto predpokladom pre získanie zamestnania, televízne kanály vysielali zo šiestich sedmín v ruskom jazyku. Dôsledkom toho sa len zanedbateľná časť Estóncov nenaučila po rusky, zatiaľ čo z ruských prisťahovalcov sa estónčinu naučil len každý tretí Rus.
Obnovenie nezávislosti Estónska prinieslo vymenenie si rolí v medzi etnickom konflikte. Nová vláda zaviedla proti ruský kurz. Zákon o štátnom občianstve stanovil, že estónskymi občanmi sa stali v podstate len obyvatelia estónskej národnosti, ktorí boli občanmi alebo potomkami občanov medzivojnového Estónska. V roku 1993 sa prehlbuje proti ruská rétorika schválením nového jazykového zákona. Ten predpisoval, že všetky miesta verejného a súkromného sektora musia byť obsadzované len ľuďmi komunikujúcimi estónsky. Štátne občianstvo bolo možné získať len formou naturalizácie, ktorej predpokladom bolo zvládnutie skúšok z estónčiny. Tie boli pre mnohých Rusov jednak ťažké a na druhej strane aj veľmi drahé (mnohí z nich sú nezamestnaní po páde priemyselných kolosov).
Nová vláda a s ňou aj snaha o splnenie všetkých kodaňských kritérií potrebných na začlenenie do EÚ prináša umiernenejší prístup k riešeniu národnostnej otázky. Všeobecne bol asimilačno – dominantný prístup majoritného etnika k menšinám odsúdený. Bol nahradený novým pohľadom založeným na rovnocennej integrácii, predovšetkým ruskej menšiny do estónskej štátnosti.
Na základe poslednej správy Európskej Komisie proti Rasizmu a Intolerancii (ECRI), zverejnenej 21.2. 2006, o stave v Estónsku, došlo k určitému posunu v menšinovej politike. Správa zdôrazňuje stúpajúci počet ľudí, ktorí získali estónske občianstvo. Zároveň však kritizuje stále vysoký podiel Rusov bývajúcich v Estónsku (asi 11 %), ktorý nie sú schopní získať občianstvo kvôli náročnosti testov. Komisia taktiež vyčíta Estónsku, že nezaviedla jednotnú politiku, ktorá by napomáhala k zbližovaniu estónsky hovoriacej komunity a rusky hovoriacej komunity.