Územie Estónska je administratívne rozdelené na 15 krajov (kraj - maakond) a 241 orgánov miestnej správy (39 mestských a 202 vidieckych magistrátov). Krajské zastupiteľstvo je vedené guvernérom, ktorý reprezentuje vládu na regionálnej úrovni. Guvernér je menovaný vládou na obdobie piatich rokov. Na krajskej úrovni neexistuje žiadny volený reprezentatívny orgán.

Základné ustanovenia miestnej správy sú zakotvené v Ústave z roku 1992 : „Všetky miestne záležitosti sú riadené a riešené miestnymi orgánmi v súlade s právnymi predpismi.“ Je zavedený jednostupňový miestny samosprávny systém – jednotkami miestnej samosprávy sú vidiecke a mestské samosprávne zastupiteľstvá.

Zastupiteľstvá sú volené na obdobie troch rokov a právo voliť majú dokonca aj cudzinci, ktorí majú oficiálne povolenie na trvalý pobyt. Počas posledných volieb konajúcich sa v októbri 2005 mohli Estónci ako prví na svete voliť starostov a  poslancov cez internet. Cez internet už v minulosti experimentálne volili obyvatelia Ženevy, či niektorých okresov v USA.

Estónsko sa však stalo prvou krajinou, ktorá umožnila internetové voľby celonárodne. Napriek tomu, že možnosť voliť cez internet využilo len jedno percento voličov, Estónsko považuje tento experiment za úspešný. Regionálne voľby prostredníctvom internetu prebehli bez najmenších problémov a cez internet sa bude voliť zrejme aj v roku 2007 pri voľbách do celonárodného parlamentu (Bella, 2005).