Nížinnú oblasť východného pobrežia Baltického mora, kde leží Estónsko, osídľovali ľudia postupne z juhu na sever v závislosti od prírodných podmienok. Územie Estónska bolo pôvodne osídlené ugrofínskymi Estmi a Livmi (Honzák F. et al, 2001). Určujúcim faktorom pre osídlenie bol ústup severského ľadovca (pred 11 – 13 000 rokmi), ktorý sem zasahoval zo Škandinávie, a pokles mora. V 8. tisícročí p.n.l. sa v juhozápadnom Estónsku objavujú prví ľudia (živili sa lovom zvierat, rybolovom a zberom lesných plodov). Najstaršie osídlenie bolo objavené v roku 2004 pri rieke Pärnu pochádzajúce približne zo 7. – 8 . tisícročia p.n.l..

Od 5. tisícročia p.n.l. po neskorú dobu bronzovú bolo zjavné rozšírenie lovu zvierat a rybolovu. Veľké náleziská artefaktov vyrobených z kostí a kameňa z tohto obdobia boli objavené pri meste Kunda, situovaného na severnom pobreží medzi Tallinnom a hranicou s Ruskom. Okolo 2.tisícročia p.n.l. sa objavujú prvé umelecky ozdobené artefakty (ozdoby na hlave sekery a na keramike), hradiská, chov dobytka a jednoduché poľnohospodárske usadlosti.

Od konca 9. storočia sa pobrežie stalo cieľom nájazdov švédskych Vikingov (v Estónsku nazývaní Varjagovia) (Honzák F. et al, 2001). Vikingovia mali predovšetkým záujem o obchodné spojenie s Kyjevom a Istanbulom. Estónsko začalo ťažiť z významnej pozície obchodného centra. Estónci exportovali kožušiny, drevo a med. Dovážali predovšetkým kovy.

Na začiatku 11. storočia boli juhovýchodné oblasti pod nadvládou Kyjevskej Rusi, po jej rozpade v druhej polovici 12. storočia boli územia závislé na Polocku a Novgorode (Honzák F. et al, 2001). Pobrežie Estónska bolo zase neustále ohrozované nájazdmi Dánov a Švédov. Muselo ubehnúť ďalších 700 rokov, pokým Estónsko opäť naberá kontrolu nad svojím územím.

Estónsko bolo asi od roku 1200 neustále vystavené tlaku okolitých krajín. Osud krajiny bol ďalších 500 rokov v rukách Dánov, Nemcov a Švédov. Od roku 1721 do roku 1991 si nad Estónskom Nemecko a Rusko buď delili moc, alebo oň zápasili. Výnimku tvorilo len obdobie rokov 1920 – 1939.

Estónsko vyhlasuje plnú nezávislosť 20. augusta 1991. Ešte počas septembra je aj medzinárodne uznaným štátom a 18. septembra 1991 je prijaté do OSN.