Podunajská nížina sa skladá z Podunajskej roviny a Podunajskej pahorkatiny.

Podunajská pahorkatina možno rozdeliť na nasledovné podcelky:

  • Trnavskú pahorkatinu,
  • Dolnovážsku nivu,
  • Nitriansku pahorkatinu,
  • Nitriansku nivu,
  • Žitavskú pahorkatinu,
  • Hronskú pahorkatinu,
  • Hronskú nivu,
  • Čenkovskú nivu,
  • Ipeľskú pahorkatinu,
  • Ipeľskú nivu

Najhlbšie časti Podunajskej nížiny vypĺňajú neogénne íly (usadili sa na dne mora v neogéne). Tie majú značnú mocnosť - až niekoľko kilometrov; pochádzajú zo zarovnaných povrchov (pont).

Počas dáku a rumanu sa na území Podunajskej nížiny ukladali štrky; počas pleistocénu spraše, sprašové hliny a viate piesky (tie sú na rozdiel od Záhorskej nížiny vápnité). Na východe došlo k ukladaniu tufyov a tufityov, ktoré pochádzajú zo Slovenského stredohoria

Podunajská nížina je členená taktiež mnohými zlomami (vieme ich určiť podľa pohorí a riek).