Vzhľadom na plánovaný vstup Rumunska do EÚ v roku 2007 už aj tu začali prípravy na implementáciu európskej sústavy chránených území NATURA 2000, ktorá má za cieľ najmä ochranu biodiverzity v rámci európskeho priestoru. Nejde len o akúsi zbierku národných parkov, ktoré sú založené z rôznych dôvodov ochrany, ale je to vedecky podložená štúdia, ktorá má komplexne chrániť reprezentatívnu vzorku ohrozených živočíchov v rámci .

Prípravné projekty sú financované prevažne zo zahraničných zdrojov s konzultáciou a dohľadom zahraničných expertov. Holandská agentúra Senter International hradí projekt zameraný na zber údajov, vymedzenie chránených lokalít a budovanie kapacít. Požiadavky legislatívneho charakteru sú postupne začleňované do národného práva, ale zatiaľ nie sú brané do úvahy v sektorovom plánovaní, najmä čo sa týka regionálneho rozvoja. Preto významnú úlohu zohráva 32 mimovládnych organizácií, ktoré sa v tejto otázke združili do Koalície pre Naturu 2000. Zameriavajú sa na zber a hodnotenie informácií, budovanie kapacít a šírenie povedomia verejnosti. Popri slabej informovanosti občanov je problémom najmä absencia súhrnného prehľadu vedeckých štúdií, informácií a údajov, potrebných na vyhodnotenie lokalít.
Ministerstvo živitného protreda a správy vôd k nim navyše nemá prístup, keďže ich vlastnia rôzne inštitúcie, organizácie alebo individuálni špecialisti, ktorí ich nechcú poskytnúť bez poplatku. 

Sústava NATURA 2000 pozostáva z dvoch smerníc: Smernice o biotopoch a Smernice o vtákoch.
Kým územia ochrany druhov biotopov musia byť schválené Európskou komisiou, chránené vtáčie územia sú určované členským štátom EÚ a priamo nahlasované Európskej komisii. V Rumunsku ich určuje Ministerstvo v spolupráci s Rumunskou ornitologickou spoločnosťou (SOR) a BirdLife Romania; celkovo bolo vybraných asi 130 lokalít.
Naturu 2000 finančne podporuje najmä EÚ; z predvstupových grantov PHARE boli hradené projekty cezhraničnej spolupráce ako TUR a ochrana biodiverzity v rumunsko-bulharskom cezhraničnom regióne, alebo pilotný projekt ochrany dunajských močarísk. Finančný nástroj LIFE-Nature umožnil realizáciu týchto projektov: NP Železné vráta, funkčná ekologická sieť Transylvánskej plošiny, ochrana podzemných biotopov netopierov v južných Karpatoch, delfínov v Čiernom mori a prirodzených mokraďových ekosystémov Satchinez, správu chránenej oblasti Macinských hôr, obnovu močarísk Comana a lesných ekosystémov v biosférickej rezervácií Pietrosul Rodnei a určenie lokalít Natura 2000 v pohorí Piatra Craiului.
Celkovo je v Rumunsku 845 chránených území, z čoho je 9 národných parkov, 6 prírodných parkov a 3 biosférické rezervácie UNESCO: Dunajská delta a pohoria Retezat a Pietrosul Rodnei. Spolu zaberajú 5,4 % rozlohy územia krajiny (Natura 2000 in the New EU Members States).