Estónsko sa vďaka svojej ekonomickej a geografickej polohe stalo významnou tranzitnou bránou nielen v smere východ - západ, ale aj sever – juh. V roku 2004 estónske dopravné spoločnosti prepravili viac ako 95 mil. t tovaru, z toho 69 % železnicou, 30 % cestnou sieťou a 1,2 % morskou dopravou.

Celková dĺžka cestnej siete Estónska je 56 850 km, z čoho 16 470 tvoria štátne cesty (Road network.In.www.mnt.ee). Celkové množstvo nákladu prepraveného cestnou dopravou dosahovalo v roku 2004 približne 28,1 mil.ton.

Celková dĺžka železničnej siete je 963 km, z čoho 131 km je elektrifikovaných. 65,6 mil. t. tovaru bolo prepravených železnicou v roku 2004. Najväčším prepravcom železničnej dopravy je spoločnosť Estónske železnice –Eesti Raudtee.

Pozdĺž estónskeho pobrežia je 60 prístavov, 31 z nich je sprístupnených aj lodiam z ostatných krajín. Prístav v Talline je jeden z najrýchlejšie sa rozrastajúcich pozdĺž Baltského mora. Ďalšie významné morské prístavy sú v Kunde a Pärnu. Lodná doprava v Estónsku má neustále stúpajúcu tendenciu. V roku 2004 prišlo 15 893 lodí zo zahraničia a 46,2 mil. t tovaru bolo prepraveného cez estónske prístavy. Je to tri krát viac ako v roku 1995.

Medzinárodné letisko v Tallinne bolo v roku 1999 po rekonštrukcii otvorené medzinárodným a domácim letom. V roku 2004 letisko v tallinne obslúžilo 997 tisíc pasažierov a prepravilo 5 238 t tovaru. Estónska národná letecká spoločnosť Estonian Air lieta na pravidelných linkách do 16 destinácií.