Na území Estónska je približne 1 200 prirodzených jazier, ktorých rozloha je väčšia ako 1 ha. Jazerá tak zaberajú približne 4,7 % územia Estónska. Majú prevažne ľadovcový pôvod a väčšina je sústredená v pahorkatinách na juhu krajiny : Haanja, Ötapää, Sakala a Karula.

Známa je skupina jazier v Alutaguse nížine pod menom systém jazera Kurtna. Početné sú aj jazerá na pobrežiach Estónska a pobrežiach ostrovov Saaremaa a Hiumaa, ktoré vznikli dôsledkom zdvihu povrchu v miestach bývalých zálivov. Takisto aj močaristé jazerá sú mnohopočetné (približne 20 000). Avšak len Čudské jazero a jazero Vőrtsjarv sa zaraďujú medzi veľké jazerá. Väšina z nich má len bazénovitý charakter.

Čudské jazero je piatym najväčším jazerom v Európe s celkovou rozlohou 3 555 km2. Jazero sa fakticky skladá z troch častí : Čudského jazera (2 610 km2), Pskovského jazera (710 km2) a úzkeho (šírka najužšieho bodu sú 3 km) jazera Lämmijärv (235 km2), ktoré spája dve vyššie spomínané. Maximálna hĺbka jazera je 15, 3 m. Asi 44 % Čudského jazera (1 570 km2) je na území Estónska. Čudské jazero je považované za jedno z najlepšie zásobených rybami na svete. Priemerný ročný úlovok je 10 000 ton, produktivita jazera je približne 30 kg/ha. 
Druhé najväčšie jazero, jazero Vőrtsjärv ma rozlohu 270 km2 a hĺbku 6 m. Najhlbším jazerom je jazero Rőuge Suurjäv s hĺbkou 38 m.

Po stáročia má výstavba umelých vodných nádrží v Estónsku tradíciu (mali prevažne operačnú funkciu pri vodných mlynoch). Dodnes sa zachovalo približne 150 umelých vodných nádrží. Najväčšia vodná nádrž je Narva vodná nádrž na rieke Narva. Celková plocha nádrže je 190 km2, z čoho 40 km2 je na území Estónska, zvyšok na území Ruska. Ako zásobárne pitnej vody slúžia vodné nádrže vybudované na riekach Pirita, Jägala a Soodla.