V roku 1492 pristáva Kryštof Kolumbus na Bahamách. Španieli ostali viac ako dve desaťročia najmä na karibských ostrovoch a na pevninu podnikali len krátke expedície. Správy o rozprávkovom bohatstve zlata a striebra národov žijúcich na pevnine pritiahli nakoniec bandy conquistadorov do vnútrozemia Strednej a Južnej Ameriky. Bolo to už v čase keď boli ostrovy hospodársky vyčerpané a obyvateľstvo takmer vyhubené.

Príčinou decimovania obyvateľstva, ktoré nasledovalo potom aj na pevnine, bolo zavlečenie nákazlivých chorôb a systém prideľovania indiánskych pracovných síl belochom. Proti takémuto zaobchádzaniu s Indiánmi s zdvihol dominikánsky mních Bartolomej de Las Casas. Priame nútené práce indiánov sa zmenili až v roku 1536 na odvádzanie daní španielskému encomenderovi. O rok neskôr pápežská bula vyhlásila Indiánov za ľudí, takže odpadla možnosť ospravedlňovať otroctvo Indiánov.

Začiatkom 16. storočia postupne Španieli dobyli ríšu Aztékov (Hernan Cortes – 1520) a ríšu Inkov (Francesco Pizzaro – 1533) s pomerne malým počtom vojakov a rýchlo tak dobili značnú časť územia Latisnkej Ameriky. Naopak kolonizácia Brazílie Portugalcami prebiehala pomerne pomaly. Dŕžavy v Afrike a Ázii mali pre Portugalcov omnoho väčší význam.

Do roku 1650 nastáva takmer kolaps indiánskeho obyvateľstva. Z pôvodného predkolumbovského obyvateľstva ostáva len zlomok. Práve vzhľadom na nízky počet indiánskeho obyvateľstva, značná časť sa prispôsobila podmienkam európskej kultúry. Navyše sa domorodci pomerne rýchlo naučili používať Európske nástroje a chovať dobytok, vzhľadom na to že boli nútený pracovať v baniach a na poliach aby mohli splácať daň. Takto sa veľmi rýchlo počas nasledujúceho obdobia indiáni začleňovali do spoločnosti, deti sa začali rodiť v iných kultúrnych podmienkach, navyše sobáše medzi indiánskym a európskym obyvateľstvom neboli žiadnou výnimkou. Stále však pôvodné obyvateľstvo, spolu s černochmi tvorili najnižšiu vrstvu spoločnosti.

Pred získaním nezávislosti od Španielskej nadvlády (takmer všetky štáty ju získali do roku 1824), vznikajú rôzne povstania. V roku 1780 sa v Peru José Gabriel Condorcanqui vyhlásil za Tupac Amaru II. - nasledovníka Inského trónu. Žiadal od Španielska zrušenie nárokov na oblasť, pôvodne patriacu Inkom. V povstaní zahynulo tisíce indiánov a v roku 1781 bol organizátor popravený. Podobne skončil aj Otec Miguel Hidalgo y Castillia spolu s indiánmi ktorí sa v roku 1810 vzopreli španielskej koloniálnej diktatúre a žiadali zrušenie platenia daní pre Indiánov.

Po vzniku nezávislých štátov sa situácia moc nezmenila, Španielska moc sa dostala do rúk belochov, ktorí sa na daných územiach usídľovali od čias Kolumba. Obdobie medzi rokmi 1870 – 1920 je možno najhoršie obdobie v ére pre Latinskoamerických indiánov. Obchodné záujmy, ekonomický rast a potreba nachádzania nových zdrojov spôsobuje že Indiáni sú násilím vyháňaní zo svojich domov, pretože sa nachádzajú na územiach ekonomického záujmu. Vznikajú mnohé povstania a krviprelievanie.

20. storočie sa nesie v znamení bojovania za práva Indiánov. Po mexickej revolúcii (1910 – 1920) vedenej Emilianom Zapatom sú uznané práva a nároky Indiánskeho obyvateľstva na niektoré územia. Okrem iného majú možnosť hovoriť vlastným jazykom a pestovať si vlastnú kultúru. Podobne po revolúcii v roku 1952 v Bolívii, získavajú indiáni právo zúčastniť sa volieb a sú im uznané nároky na niektoré územia. Nie však všetci Indiáni majú právo na radosť, napr. v El Salvadore sú povstania v roku 1932 kruto potláčané, odhaduje sa že v nich zahynulo od 10 do 32 000 domorodcov. Navyše v Guatemale v dôsledku nestability režimov a množstva kontrarevolúcií hynie množstvo Mayskeho pôvodného obyvateľstva. Až v roku 1990 dochádza k upokojeniu situácie. Niektoré komunity získavajú späť územia a je im umožnené vzdelávať sa o vlastnej histórii.