Klimatické podmienky a reliéf územia Estónska zapríčinili vznik početných malých vodných útvarov. Priemerný ročný úhrn zrážok prevyšuje nad výparom (200 – 300 mm / rok) a územie je odvodňované prostredníctvom riek. Územie Estónska je rozdelené do štyroch povodí:
- povodie Čudského jazera zaberajúce 38 % z plochy územia,
- povodie Fínskeho zálivu zaberajúce 21 % z plochy územia,
- povodie Rižského zálivu zaberajúce 32 % z plochy územia,
- povodie ostrovov západného Estónska zaberajúce 9 % z plochy územia.
Estónsko má mnoho riek, z ktorých približne 420 je dlhších ako 10 km. Väčšina z nich je krátkych, s malým prietokom. Len tri rieky Estónska majú priemerný prietok pri ústí väčší ako 50 cm3.s-1 : Narva (399 cm3.s-1), Emajögi (72 cm3.s-1) a Pärnu (64 cm3.s-1).
Rieka Narva je napájaná z Čudského jazera a tečie do Fínskeho zálivu. Je najdlhšou estónskou riekou (77 km) a dve tretiny jej povodia ležia na území Ruska. Vďaka prirodzenej regulácie Čudského jazera, Narva nikdy nezaplavuje územie a nikdy ani nevysychá.
Emajögi spája dve najväčšie jazerá v Estónsku, Čudské jazero a jazero Vőrtsjärv. Emajögi je jedinou splavnou riekou v Estónsku po celej svojej dĺžke (101 km). Pärnu je najdlhšou riekou Estónska (144 km).