Podunajská nížina sa skladá z Podunajskej roviny a Podunajskej pahorkatiny.
Podunajská pahorkatina možno rozdeliť na nasledovné podcelky:
- Trnavskú pahorkatinu,
- Dolnovážsku nivu,
- Nitriansku pahorkatinu,
- Nitriansku nivu,
- Žitavskú pahorkatinu,
- Hronskú pahorkatinu,
- Hronskú nivu,
- Čenkovskú nivu,
- Ipeľskú pahorkatinu,
- Ipeľskú nivu
Najhlbšie časti Podunajskej nížiny vypĺňajú neogénne íly (usadili sa na dne mora v neogéne). Tie majú značnú mocnosť - až niekoľko kilometrov; pochádzajú zo zarovnaných povrchov (pont).
Počas dáku a rumanu sa na území Podunajskej nížiny ukladali štrky; počas pleistocénu spraše, sprašové hliny a viate piesky (tie sú na rozdiel od Záhorskej nížiny vápnité). Na východe došlo k ukladaniu tufyov a tufityov, ktoré pochádzajú zo Slovenského stredohoria
Podunajská nížina je členená taktiež mnohými zlomami (vieme ich určiť podľa pohorí a riek).