Historický vývoj krajiny predurčoval aj šírenie náboženstiev. Kresťanstvo sa začalo šíriť v období križiackych výprav. Upevnená pozícia rímsko-katolíckej cirkvi bola narušená šírením reformačného hnutia. Luteránsvo naberá na pozícii štátneho náboženstva počas švédskej nadvlády. Prvý krát boli vytlačené náboženské texty a Biblia bola preložená do estónčiny. Po Severnej vojne sa postupne mení pozícia luteránstva.
Cárom privilegovaní pobaltskí Nemci preberajú moc okrem iného aj nad vedením cirkvi. Vzťah medzi štátnym náboženstvom – Ruskou Ortodoxnou cirkvou postupne prerastal do konfliktu s Luteránskou cirkvou. V štyridsiatych rokoch 19. storočia dochádza k rozsiahlemu konvertovaniu na „vieru cára“ v nádeji vylepšenia si sociálneho statusu. Tí, ktorí neboli spokojní však už nemohli prejsť späť k Luteránom, a tak sa podiel hlásajúcich sa ku Ortodoxnej cirkvi zvýšil na 20 %.
V roku 1925 bola cirkev oddelená od štátu a postupne sa vďaka nezávislosti Estónska rozširovali aj rady hlásajúcich sa k Luteránstvu. Po okupácii bola nastolená sovietska proti kresťanská legislatíva. Podporená represáliami, viera bola úplne vylúčená zo spoločnosti. V tomto období len menej ako 10 % Estóncov bolo ochotných verejne priznať svoju vieru. Ďalšie zmeny v politickom usporiadaní prinášajú a zmenu postavenia viery. Sloboda vierovyznania je zakotvená v estónskej ústave.
Dnes viac ako 31 % dospelej populácie aktívne vyznáva niektorú vieru. Podiel jednotlivých vierovyznaní je nasledovný : 15 % Estónska evanjelická luteránska cirkev; 14% Ortodoxná cirkev; 0,5 % Babtisti; 0,5 % Rímsko – katolícka cirkev. Menej početní sú vyznávači Budhizmu, Judaizmu a neopohanského hnutia, ktorí uctievajú boha Taara.
Na základe prieskumu Eurostatu z roku 2005, iba 16 % občanov Estónska „verí, že Boh existuje“, 54 % odpovedalo že “veria v nejakú formu duchovnej alebo životnej sily“ a 26 % „neverí, že Boh alebo nejaká riadiaca sila existuje“. Tento prieskum hovorí, že Estónci sú spomedzi všetkých členov EÚ najmenej nábožensky založení.
